광주중앙교회 사건은 개회 전부터 금번 총회의 파란을 예고했다. 총회 장소가 우여곡절 끝에 교회당이 아닌 휴양시설로 결정된 배경에 광주중앙교회 사건이 결정적으로 작용했다는 설이 파다하게 퍼질 정도였다.

개회 첫 날부터 회의장 입구에는 채규현 목사를 지지하는 쪽 교인들과 반대하는 쪽 교인들이 각기 도열한 채, 미리 준비한 유인물과 피켓 등으로 자신들의 입장을 알리는 세력 대결을 벌이기 시작했다. 양측의 유인물 공세와 크고 작은 시비들은 총회 기간 내내 새로운 상황이 벌어질 때마다 재연되곤 했다.

개회 이틀째 헌의부 보고에서 광주중앙교회 사건과 관련해 상설재판국의 책임을 묻고, 특별재판국 설치를 요구하는 헌의안들이 기각되면서 광주중앙교회 문제는 본격적으로 점화되기 시작했다. 이 때만해도 채규현 목사 쪽에 유리하게 돌아가는 것처럼 보였던 상황은, 나흘째 오전 재판국 보고를 통해 광주중앙교회 사건이 본격적으로 대두되면서 뒤바뀌기 시작했다.

전남제일노회의 판결을 뒤엎고 채규현 목사의 면직처분을 무효화한다는 상설재판국의 판결보고는 구 개혁측 출신들을 중심으로 한 수많은 총대들의 반발을 샀다. 하지만 재판국 보고를 일단 받고, 양측의 화해를 위한 위원회를 조직해야 한다는 발언들이 이어지며 오후 회무에까지 맹렬한 공방이 계속되었다.

결국 재판국 보고는 부결 처리되어, 전남제일노회의 재판결과를 총회가 받아들인 셈이 되었다. 한편 이 과정에서 매끄럽지 못한 의사진행으로 한 때 양측이 각자의 승리를 주장하며, 사회자의 진의를 따져 묻는 해프닝이 벌어지기도 했다.

마지막 날 정치부 최종보고에서는 헌의부에서 상정한 광주중앙교회 문제해결을 위한 중재위원회 설치 문제가 다시 쟁점으로 부각되었다. 상설재판국의 판결을 부결시킨 쪽에서는 정치부에서 내놓은 중재위원회의 인원구성이 편향적이라고 강하게 반대했고, 이에 따라 위원회 구성을 총회 임원회에 맡기는 것으로 결론을 내렸다.

이와 관련해 소원, 상소, 고소 등에 대해 제93회 총회 이전의 규칙대로 돌아간다는 결의가 이루어지면서 총회 상설재판국이 이번 회기를 끝으로 사실상 폐지수순을 밟게 된 것도 눈여겨볼 대목이다. 일부에서는 광주중앙교회 사건 처리과정에서 제기된 총회재판국의 월권 시비와 예심판결의 합법성 논란 등이 상설재판국의 존속에 치명타로 작용했다는 분석도 있다.

예상했던 바대로 광주중앙교회 사태는 이번 총회의 핫이슈였다. 그러나 그 강도가 너무 지나쳐 다른 사안들을 압도하는 수준에 이르고 말았다. 광주중앙교회 문제에 지나치게 몰입하며 많은 시간들을 소비한 결과, 다른 중대사안들은 상대적으로 소홀하게 취급될 수밖에 없었다. 어느 총대가 지적한 것처럼 일개 교회의 분쟁사건이 총회 기간 내내 의사일정의 발목을 잡은 것은 우리 교단의 불행이 아닐 수 없었다.